本質的価値（Intrinsic Value）とは、企業の真の価値を指し、市場価格とは異なる概念です。これは、企業が将来生み出すと期待される全てのフリーキャッシュフローを、適切な割引率（通常は加重平均資本コスト：WACC）で現在価値に割り引いて合計することで算出されます。この計算には、将来の売上成長率、利益率、設備投資、運転資本の変動など、多くの仮定が含まれます。バフェット流のバリュー投資では、この本質的価値を正確に推定することが極めて重要であり、市場価格がこの本質的価値を下回っている銘柄を探し出し、安全域（Margin of Safety）を確保した上で投資を行います。市場は短期的な感情やニュースに左右されがちですが、本質的価値は企業の経済的実態に基づいているため、長期的な視点での投資判断の礎となります。
投資家は、まず企業の過去の業績、現在の事業環境、将来の成長戦略などを徹底的に分析し、将来のフリーキャッシュフローを予測します。次に、そのキャッシュフローを適切な割引率で現在価値に割り引いて本質的価値を算出します。この算出された本質的価値と現在の市場価格を比較し、本質的価値が市場価格を大きく上回っている場合に投資を検討します。この乖離が大きいほど「安全域」が広がり、投資のリスクが低減されると見なされます。企業の本質的価値は常に変動するため、定期的な見直しが必要です。
初学者が陥りがちな誤解は、本質的価値を一つの確定した数値と捉えてしまうことです。実際には、将来の仮定に大きく依存するため、本質的価値は常にレンジ（幅）で考えるべきです。また、割引率の設定を誤ると、算出される本質的価値が大きく変動します。過度に楽観的な成長率や、低すぎる割引率を設定することで、実際よりも高い本質的価値を算出してしまい、結果として割高な銘柄に投資してしまうリスクがあります。
「投資とは、ある事業の将来のキャッシュフローを現在価値に割り引くことである。それが投資のすべてだ。」 - ウォーレン・バフェット